1998年5月22日，淮南矿业（集团）有限责任公司揭牌成立，标志着淮南煤矿彻底告别计划经济模式，真正成为社会主义市场经济的主体，实现了从工厂制向公司制的历史性转变。
  1990年以来，在煤炭市场全面放开、煤炭价格大幅下滑的社会背景下，淮南矿务局把劳动制度、工资制度和人事制度改革作为深化企业内部改革的突破口，建立起以竞争机制为主要标志的激励机制，使企业逐步成为自主经营、自负盈亏、面向市场的主体，初步形成了煤炭生产、基本建设、多种经营新的企业生产经营架构。
  1993年，改革成为统领淮南矿务局各项工作的主旋律，首次实施的三项制度改革取得了可喜的成果。以精简机构为重点的局矿两级机关机构改革顺利完成，以减人提效为目标的劳动用工制度迈出艰难一步，以计件工资为主体的多种分配形式基本形成。三项制度的改革，进一步激发了企业的内生动力，充分调动了广大职工的生产积极性。
  1993年，是淮南矿务局全面走向市场、放开经营的第一年，也是全局生产建设上台阶、创水平的一年。这一年，全局原煤生产1149万吨，比1992年增产111﹒4万吨，创造了1963年以来生产最好水平。基本建设在资金到位不均衡的情况下，仍然完成投资6.02亿元。全局全年实现利润9013万元，为1981年以来首次盈利。
  1998年3月10日，煤炭工业部正式下发《关于淮南矿务局建立现代企业制度有关问题的批复》，同意淮南矿务局依照“公司法”改建为国有独资公司，更名为淮南矿业（集团）有限责任公司。
  淮南矿业集团成立以后，根据“公司法”和国家有关政策规定，规范建立了集团公司法人治理结构，设立了公司董事会、经理层、监事会和党委会，依法制定了公司章程和议事规则等。1998年8月，国家经贸委、国家煤炭局、安徽省人民政府在北京举行淮南、淮北煤矿下划安徽省管理交接仪式，淮南矿业集团至此成为省属企业。
  为了适应建立现代企业制度和公司制改制的需要，淮南矿业集团遵循“转换机制，转变职能，减少人员，提高效率”的指导思想，对企业管理机构大刀阔斧进行了改革，构建了生产技术、经营管理和党政工团三大板块，重新组建了社会职能性管理中心，进一步强化了集团公司机关的调控、管理、服务和监督职能。以资产为纽带，构建了以独立市场竞争主体和法人实体为特征的子公司运行体制。
  1998年到2001年四年间，淮南矿业集团面临前所未有的安全、市场、经济三大压力。集团公司提出了“在最困难的时期办最难办的事”：在银行停贷的情况下，把生产矿井的后劲工程停掉，同时向职工集资，保证了张集矿建设得以继续施工。全面开展安全整顿，大力推动瓦斯综合治理，开启了淮南煤矿从大灾走向大治的新征程。大胆选拔任用一大批中青年干部，为企业跨世纪可持续发展储备了人才。
  与此同时，淮南矿业集团坚持直达用户服务的销售策略，改变了50多年的销售格局，扩大了企业在东南沿海地区的知名度。大力推行技术经济一体化，严格成本管理，强化资金运营，经济运行步入恢复性回升阶段。有序实施政策性关闭破产和社会职能剥离等项工作。
  进入二十世纪九十年代以来，为了进一步减轻国有企业巨大的经济压力，国务院相继出台了一系列包括债转股、关闭资源枯竭矿山、养老统筹保险等政策。1999年10月，在安徽省政府的统一领导下，经国家经贸委审核推荐，淮南矿业集团与中国信达资产管理公司反复磋商达成初步协议，被列入全国煤炭企业债转股第一批23户名单。
  2000年2月1日，淮南矿业集团与中国信达资产管理公司在合肥签署债转股协议，总金额为48.5亿元。2001年10月24日，国务院正式批准淮南矿业集团债转股方案，总金额为54.2亿元，为当时全国煤炭系统和安徽省总金额最大的一宗债转股项目。债转股项目的实施，使淮南矿业集团的资产负债率由82.2%下降到40%左右。
  最艰难的时期，也是孕育着新的希望时期。随着新世纪的到来，淮南矿业集团迎来了一个新的历史飞跃期。